Una carrera feroz entre el sector público y el privado

Dos grupos de investigación compiten para completar un proyecto de los que se dan una vez en un milenio: el primer borrador de la secuencia completa del genoma humano. Uno de ellos, la firma privada estadounidense Celera Genomics Systems, empezó a secuenciar en septiembre de este año. El otro grupo, el Proyecto Genoma Humano (PGH), que ha acabado ahora el cromosoma 22, es una iniciativa pública que reúne equipos de todo el mundo.El PGH, que hace públicos todos sus resultados en Internet (actualizados cada 24 horas), utiliza una estrategia de "clon a clon" para avanzar en la secuencia, a un ritmo de 500 bases cada vez.

Celera, filial del gigante de la biotecnología Perkin-Elmer -propietaria de la licencia sobre tecnología de secuenciación robótica-, utiliza un método diferente para producir información a toda velocidad y venderla después. El precursor del llamado método shotgun (escopeta) de Celera fue su director, el carismático científico convertido en empresario Craig Venter, que lo utilizó para describir la secuencia de, entre otras cosas, el virus de la gripe, la bacteria E. coli y, más recientemente, un genoma incompleto de la mosca de la fruta.

Un superordenador

El shotgun, que, según Venter, el supuesto niño terrible de la tecnología del genoma, cuesta un 90% menos que el modelo de clon a clon, es la opción más rápida. Divide todo el genoma en fragmentos y los lee simultáneamente introduciéndolos en uno de los superordenadores más grandes del mundo. Este método depende en gran medida de los datos procedentes del PGH para reunir los fragmentos de secuencia de manera que formen una estructura coherente.

El shotgun funciona mucho peor con ADN repetido, del que está repleto el genoma humano, a diferencia del de organismos más pequeños. Estas repeticiones pueden introducir ambigüedad en el proceso de ordenación de los fragmentos de secuencia. Por esta razón, la empresa de Venter coteja la información del PGH. En las últimas semanas, incluso, han empezado a correr rumores un tanto sorprendentes según los cuales se está forjando una colaboración más oficial entre las dos iniciativas.

En cambio, el más metódico PGH, que en realidad va más adelantado de lo previsto, ha recibido críticas por ir despacio. Pero, como señala Ian Dunham, del Centro Sanger, la secuencia del cromosoma 22, el mayor fragmento continuo de secuencia hasta la fecha, ha demostrado por primera vez "que la estrategia de clon a clon indudablemente funciona en distancias largas".