Lecciones de una mosca

Una mosca real es mucho mejor que un ángel hipotético, escribió Emerson, y algo parecido debió de pensar Craig Venter, el tiburón científico norteamericano al que las quinielas dan por favorito en la carrera del genoma humano, cuando se lanzó hace ocho meses a descifrar el material genético de un organismo mucho menos aparente, la mosca de la fruta Drosophila melanogaster. Venter anunció el jueves pasado que ya había acabado con la mosca, y que a partir de ahora concentrará todos sus esfuerzos en ganar la carrera del genoma humano. Pero ni lo primero es exacto, ni lo segundo le resultará tan fácil como se pensaba hasta ahora. Craig Venter es el presidente de Celera Genomics, una filial de la multinacional biotecnológica Parkin Elmer. Al igual que en el caso humano, en el genoma de la mosca las firmas privadas han entrado tardíamente a competir con los consorcios públicos internacionales que iniciaron el proyecto. En Drosophila, ese consorcio está compuesto por un instituto estadounidense, el Berkeley Drosophila Genome Project, dirigido por el biólogo molecular Gerry Rubin, y diez laboratorios europeos asociados en el European Drosophila Genome Project (EDGP).

El responsable español del EDGP es el investigador Juan Modolell, del Centro de Biología Molecular de Madrid. Ayer comentaba: "Soy escéptico ante el anuncio de Venter. Es imposible que haya completado el 100% del genoma de Drosophila, y no podrá ensamblar sus fragmentos en un mapa coherente sin utilizar nuestros métodos, los del consorcio público".

La estrategia empleada por Venter se conoce en la jerga genética como shotgun (escopeta), y el nombre le viene bastante bien. Consiste esencialmente en romper el genoma (el conjunto de todos los genes de un organismo) en cientos de miles de fragmentos y luego descifrar cada fragmento. El nombre técnico de este último paso es secuenciación, y supone determinar el orden exacto de las unidades que componen el ADN de cada fragmento, llamadas bases.

En lo que toca a la secuenciación, Venter no tiene competencia. La misma firma Parkin Elmer a la que pertenece Celera Genomics es el líder mundial en el diseño de máquinas de secuenciar ADN, y Venter dispone de suficientes aparatos de ese tipo como para llenar un edificio (y eso es lo que ha hecho, en efecto). Con los últimos modelos, unos artilugios completamente automáticos llamados ABI Prism 3.700, Venter es capaz de secuenciar entre 1.000 y 3.000 genes diarios.

Pero secuenciar es sólo una parte del problema, y no la mayor. Como el propio Venter admitió el jueves: "Hemos conseguido las piezas del puzzle, y ahora tenemos que montar el puzzle". Pero el puzzle de la mosca obtenido por Venter tiene cerca de dos millones de piezas, muchas de ellas repetidas hasta diez veces, otras perdidas.

"Venter no puede llegar así a completar el genoma", dice Modolell. "Como mucho, conseguirá un 70% o un 80%. El resto es precisamente lo más difícil".

Para Celera Genomics, Drosophila es sobre todo un banco de pruebas para demostrar a sus competidores, y a sus futuros clientes, que sus rapidísimos métodos son capaces de resolver el genoma de un organismo complejo de forma satisfactoria. Pero el santo grial es el genoma humano. Modolell añade a este respecto: "Si en Drosophila el shotgun ya presenta problemas serios, en humanos, con un genoma 20 veces mayor y plagado de repeticiones internas, los obstáculos serán probablemente insalvables".

Venter es consciente de estos problemas. Aunque el anuncio del jueves lo hizo en solitario, lo cierto es que ya en febrero había alcanzado un acuerdo con el consorcio público norteamericano y europeo para colaborar en el ensamblado de sus secuencias. El consorcio, que utiliza métodos más lentos pero más ordenados, ya tiene muy avanzado un mapa con los postes kilométricos necesarios para que Venter coloque sus piezas entre ellos. Si esta situación se repite en el genoma humano, la encarnizada competición actual entre científicos públicos y privados podría verse abocada a relajar sus formas y abrir una vía a la colaboración.

La mosca de Emerson todavía no es real. Y el ángel, ni siquiera es aún hipotético.