Superordenadores para rastrear genes

Kwang-I Yu, presidente de Paracel Inc., no está dispuesto a decir qué secreto organismo de EE UU compra sus superordenadores especializados. "Los vendemos a un organismo federal", dice con reparos. Pero J. Craig Venter, presidente de Celera Genomics, es menos circunspecto. Las máquinas de Paracel, declaró, las utiliza la Agencia Nacional de Seguridad, encargada de romper los códigos para espiar a otras naciones. Y Venter debería saberlo. Celera Genomics, la empresa que terminó el genoma humano, adquirió Paracel por casi 250 millones de dólares en junio.

Las máquinas de Paracel están diseñadas para tamizar documentos rápidamente en busca de palabras, frases o secuencias de letras especiales; una habilidad de uso obvio para quienes filtran comunicaciones en busca de datos valiosos.Pero lo que atrajo a Celera es que la tecnología de Paracel también es buena para romper otro código: el genético. Las máquinas se están apresurando a cribar el aluvión de datos generado por el Proyecto Genoma Humano y diversos esfuerzos genómicos privados. "Son todas secuencias de caracteres", afirma Yu, comparando la secuencia genética con un mensaje de texto.

La necesidad de las máquinas de Paracel surge de la transformación de la biología de una ciencia húmeda, realizada en los tubos de ensayo, a otra al menos en parte seca, en la que buena parte de los análisis cruciales se realizan por ordenador. Esto ha dado lugar a un campo denominado bioinformática, el uso de la ciencia informática en la biología.

Y la bioinformática debe manejar volúmenes de datos tan ingentes que podrían poner de rodillas a los ordenadores corrientes. La velocidad es esencial, especialmente para analizar datos procedentes del Proyecto Genoma Humano, de financiación pública, que pone a diario nuevas secuencias a disposición de todos en el GenBank, accesible por Internet. "Según salen los nuevos datos sobre el genoma, queremos analizarlos lo más rápidamente posible, ser el primero en hacer los descubrimientos, y proteger la propiedad intelectual", dice Martin D. Leach, director de bioinformática de CuraGen, que utiliza la genómica para crear nuevos fármacos.

IBM calcula que el mercado de soportes lógicos e informáticos para ciencias biológicas aumentará de 3.500 millones de dólares (665.000 millones de pesetas en la actualidad a más de 9.000 millones (1,7 billones de pesetas) en 2002. Carolyn Kovac, que dirige una sección de ciencias naturales recientemente creada de IBM, dice que los biólogos han reemplazado a los físicos como principales científicos usuarios de superordenadores.

La máquina GeneMatcher de Paracel está especialmente construida para los investigadores genómicos. Tiene 7.000 procesadores dispuestos de la forma más apropiada para las secuencias de caracteres semejantes. Con un precio de 360.000 dólares (68,4 millones de pesetas al cambio actual), el GeneMatcher resultaría muy caro para la informática de propósito general. Pero para la tarea para la que fue diseñado, puede ser hasta 1.000 veces más rápido que un ordenador Pentium, lo cuál lo hace rentable, según Yu.El mercado para máquinas como el GeneMatcher, denominadas aceleradores genómicos, es diminuto. Paracel vende sólo uno o dos al mes, tan pocos de hecho que monta sus máquinas a mano en una sala de un rascacielos de oficinas.

Venter afirma que las máquinas de Paracel serán importantes: "No hay universidad o empresa farmacéutica que tenga la capacidad informática necesaria para tratar nuestros datos, o los datos genómicos de cualquier otro".

Celera debe persuadir a las empresas para que paguen sus datos genómicos cuando GenBank ofrece gratuitamente buena parte de los datos del genoma humano. Una forma de competir es ofrecer más y mejores datos. Pero otra, según Venter, es utilizar las máquinas de Paracel para ofrecer a los clientes de Celera búsquedas más rápidas que las que podrían conseguir utilizando el GenBank.

Algunos expertos piensan que las granjas de servidores convencionales pueden llevar a cabo la tarea con menos coste que los aceleradores genómicos y también se pueden utilizar para otros fines. El Centro Nacional para Información sobre Biotecnología, que dirige el GenBank, utiliza unos 140 ordenadores convencionales unidos entre sí. Según un experto, es posible plantear el problema de manera que no sea necesario comparar todo con todo lo demás incluido en la base de datos.