Propiedad y protección

La zona considerada para el museo es monumento histórico-artístico desde 1954, lo que le confiere un alto grado de protección. Existe además una complicación añadida que deriva de la propiedad de este suelo. El trecho de unos 30 metros que abarca hasta la cuesta de la Vega pertenece al arzobispado de Madrid, según fuentes del cabildo.Además, el ala lateral norte del templo catedralicio está formada por un edificio con cinco grandes ventanales, seis ventanas y miradores abalaustrados, agregados al cuerpo de la catedral. Sin embargo, para mayor complejidad, esta ala está escriturada como propia por Patrimonio Nacional, en obediencia a la voluntad testamentaria de la reina María de las Mercedes, esposa de Alfonso XII y donante del terreno a la Iglesia católica, en cuya cripta un enterramiento espera aún sus restos, hoy depositados en San Lorenzo de El Escorial. Esto implicará posiblemente una permuta entre este edificio, propiedad de Patrimonio Nacional, y el terreno de salida del museo a la cuesta de la Vega, del arzobispado. La ejecución del proyecto, si es viable, durará unos ocho años, con un presupuesto global de 10.000 millones de pesetas.