La financiación de los GAL se realizó de forma anárquica con fondos reservados

El sistema de financiación de los GAL ha sido "diverso y, en cierta forma, anárquico, acorde con el propio funcionamiento de la organización" según expone en su auto el juez Baltasar Garzón. Pero dentro de esa falta de estructuración, el juez considera acreditado que la única vía de obtención de fondos para sufragar infraestructura y medios y pagar a los sicarios o a los propios miembros de la organización, a modo de "caja de resistencia" ha sido a través de los fondos reservados.

Estos fondos fueron administrados y gestionados por el director general de la Seguridad del Estado y su propia naturaleza y la ausencia de mecanismos eficaces de control y fiscalización facilitaron "su desviación arbitraria hacia los fines ilícitos, buscando la impunidad que beneficia su propia opacidad"., Según el auto de procesamiento, el. director general de la Seguridad del Estado, con capacidad de disposición sobre estos fondos y, por tanto, el que presuntamente autorizó las partidas para el secuestro de Segundo Marey, era en 1983 (septiembre-diciembre 1983), Rafael Vera. Sin embargo, la petición de dichos fondos vino de parte de Julián Sancristóbal, a la sazón gobernador civil de Vizcaya en la misma época, y que, junto con Ricardo García Damborenea, Francisco Álvarez y Miguel Planchuelo, pusieron en funcionamiento la organización.

Con posterioridad, esa capacidad de disposición y distribución la tuvo, como director para la Seguridad del Estado, Julián Sancristóbal entre febrero de 1984 y diciembre de 1986. Tras el cese de Sancristóbal fue designado para el cargo, con rango de secretario de Estado, Rafael Vera, con capacidad de disposición sobre los fondos reservados.Desde este cargo ejecutó, según el juez, uno de los planes "implícitamente pactados" en relación a las actividades o personas vinculadas a los GAL. Cuando el 13 de julio de 1988 ingresan en prisión José Amedo Fouce y Michel Domínguez Martínez, acusados de pertenecer a los GAL, Vera les garantiza el indulto y decide cubrir las necesidades económica de ambos imputados y de sus familias (casa, manutención, colegios, etcétera), para que estuvieran tranquilos, con cargo a la partida de fondos reservados.A través de sus mujeresPara ello les entregó a través de sus mujeres, María Ángeles Acedo Morales y Alicia, Sánchez Carrión, una cantidad mensual que oscilaba entre las 450.000 y 600.000 pesetas a cada uno, entre los meses de agosto de 1988 y enero de 1994, fecha en la que cesa como secretario de Estado para la Seguridad. Igualmente, Vera les entrega a través de Juan de Justo, con cargo a los mismos fondos, los importes de sendas operaciones quirúrgicas a las señoras Acedo Morales -630.000 pesetas- y Sánchez Carrión -300.000 pesetasAdemás de las cantidades citadas, decide entregarles, a través de las esposas, como en el caso anterior, doscientos millones de pesetas, utilizando para ello a funcionarios de la Secretaría de Estado que transportan físicamente estas sumas fraccionadamente desde Madrid hasta Ginebra (Suiza). -

Con esta segunda partida Vera da cumplimiento a otros dos de los planes entendidos en la financiación de las actividades y personas relacionadas con los GAL: Conseguir el silencio de los imputados para que no implicaran a otras personas y pagarles "los servicios prestados", so pretexto de que han actuado bajó el manto y con la justificación de la razón de Estado.

Para dificultar y, en su caso imposibilitar el descubrimiento de la desviación de fondos públicos, -Vera dio orden a Juan de Justo de que los pagos mensuales se hicieran en efectivo, en la sede de la propia Secretaría, en mano a Marián Acedo o Alicia Sánchez. Esta práctica era habitual para repartir las diferentes cantidades que, con cargo a los fondos reservados, se pagaban como "sobresueldos" a diferentes personas y responsables del Ministerio del Interior.

En el mismo sentido y con igual finalidad (evitar el seguimiento de las partidas) y, con cargo a los mismos fondos Vera ordenó la entrega fraccionada en cuatro partidas de 25 millones, hasta completar los cien millones que había fijado para Amedo y Michel Domínguez.