Empieza la era de la bioinformática

El principal escollo al que se enfrenta la proteómica, y en general la biología básica, es la carencia de sistemas informáticos apropiados para la inmensa cantidad de cálculo implicado en este tipo de investigaciones. El investigador del Consejo Superior de Investigaciones Científicas Alfonso Valencia se dedica al desarrollo de software para análisis de proteínas en todos los niveles, análisis de genoma, determinación de secuencias y estructuras, comparación con bases de datos o predicción de funciones.Valencia se considera un bioinformático, una especialidad aún poco desarrollada en el mundo y cuya demanda empieza a ser importante. "El problema es que la informática es artesanal todavía, los programas más complejos hay que hacerlos línea a línea y, aunque hay sistemas de control y módulos que facilitan la tarea, el trabajo de programación resulta aún muy lento", dice.

Pese a todo, con los equipos más potentes actuales se podría obtener ya mucha más información que la que se consigue, pero existe otro problema: la dispersión de los datos. Los investigadores y las empresas guardan celosamente los resultados de sus trabajos por la posibilidad de realizar patentes a partir de ellos. Incluso en los casos en que ponen la información en la red es difícil trabajar con ellos porque no se han desarrollado mecanismos de búsqueda adecuados.

"La base de datos de la National Library of Medicine de Estados Unidos es la mayor fuente accesible computerizada y contiene 10 millones de referencias, pero sólo están los sumarios de los artículos técnicos, luego tiene uno que buscar lo que le interese en otros sitios...", se queja Valencia. El investigador añade: "Se trata de una información desestructurada, que no puede incorporarse directamente para estudiar la función de una proteína. Es, por así decir, una información muerta".

Lo deseable sería poder cruzar datos de miles de genes o de proteínas para conseguir con rapidez indicios de su estructura y de su función que permitan avanzar en la investigación. Una posibilidad sería, según Valencia, aplicar la tecnología que están utilizando los buscadores de la web para seleccionar cada vez con mayor precisión la información demandada, mediante análisis estadístico de las palabras clave introducidas.

Ahora se empiezan a aplicar estas técnicas en el campo de la proteómica, pero aun así, resolver un proteoma relativamente sencillo llevará aún muchos años, decenios probablemente en el caso del proteoma humano.