El coronel declaró por escrito que no se llevaba ningún papel del Cesid

El coronel Juan Alberto Perote firmó el 16 de noviembre de 1991, coincidiendo con su marcha del Cesid, un escrito en el que aseguraba no tener en su poder ningún documento del servicio secreto y se comprometía a mantener reserva de por vida sobre cualquier información de la que hubiera tenido conocimiento en función de su trabajo.Además, cuando su sucesor al frente de la Agrupación Operativa de Misiones Especiales (AOME), el coronel Manuel López Fernández, Losada, le preguntó si conservaba alguna documentación clasificada, contestó que no, ya que entregó toda a su secretaria para que la destruyera.

Así consta en la declaración que prestó Perote el 20 de junio de 1995 ante el juez militar Jesús Palomino, poco después de su detención.

A pesar de haber firmado este escrito y de haber negado a su sucesor disponer de documentos secretos, Perote se llevó del Cesid -"inadvertidamente", según su versión- al menos 1.245 microfichas conteniendo las notas de sus despachos con el director del centro, Emilio Alonso Manglano, entre noviembre de 1982 y octubre de 1989. No las devolvió hasta mediados de enero de 1992, dos meses después llevárselas, cuando el Cesid se las reclamó.

Según Perote, la microfilmación de los documentos la ordenó "para romper el soporte papel [...] para disminuir volumen". Sin embargo, las microfichas no se archivaron en la Secretaría de la AOME, donde estaban hasta entonces los originales, sino que el coronel las guardó "en algún sitio de su despacho", por lo que quedaron bajo su exclusivo control.

Perote confesó a Baltasar Garzón que deliberadamente "evitó la destrucción" de algunos originales de los papeles del Cesid. Más cauto se mostró ante el juez militar, a quien dijo "que no puede precisar", si quedó algún original, "porque no los destruyó el declarante, pero que puede que quedara algún papel...".