Las guerras del genoma resurgen con la revisión de los datos publicados en febrero

La rivalidad entre los dos equipos que han secuenciado el genoma humano se ha desatado nuevamente, y algunos biólogos del proyecto público afirman que el método que usaba Celera, su rival comercial, fracasó y en realidad se basó en el método del consorcio público para montar su propia versión del genoma. Algunos científicos extienden sus críticas al genoma de la mosca, completado por el mismo método en febrero de 2000. Por su parte, investigadores del instituto de Craig Venter, el fundador de Celera, han criticado la declaración, en su opinión precipitada, que hizo el consorcio público en febrero, sobre la presencia en el genoma humano de genes procedentes de bacterias.

Los directivos de Celera han declarado tajantemente que su método ha funcionado correctamente. El litigio sobre los datos es una escaramuza en una guerra mayor, la de qué método merecerá más crédito cuando el genoma humano se complete por fin. Ambos bandos publicaron versiones provisionales del genoma en revistas científicas rivales en febrero pasado y están ahora lanzando críticas contra sus rivales.

En una serie de mensajes electrónicos y en una conferencia pública pronunciada el mes pasado en Harvard, Eric Lander, uno de los tres principales líderes del consorcio, ha rechazado el método shotgun (desmenuzamiento y posterior ensamblaje) propugnado por el presidente de Celera, Craig Venter. Lander es director del Instituto Whitehead de Boston. El método shotgun 'fue un fracaso', escribió Lander en un mensaje electrónico. 'Celera no produjo independientemente una sola secuencia del genoma. Fue a remolque' de los esfuerzos del consorcio, afirmó. Venter no es menos incisivo. 'Pensamos que lo que Eric dice no tiene ninguna legitimidad', afirmó, 'y no entendemos por qué lo dice'.

Datos públicos

Celera no ocultó que, para ahorrar tiempo y dinero, había descargado los datos parcialmente montados por el consorcio, que estaban a disposición pública. Después había desmenuzado los datos, los había mezclado con los suyos y reensamblado todo el conjunto con su propio método. La acusación de Lander es que los datos públicos desmenuzados conservaban la información sobre la posición que ocupaban en el montaje del consorcio, sin lo cual el método de Celera habría fracasado.

Otros biólogos universitarios están de acuerdo con las críticas de Lander o creen por diferentes razones que el método de Celera no era válido. 'Estoy de acuerdo con lo que dice Eric y había llegado por mi cuenta a la misma conclusión', afirmó Philip Green, biólogo computacional que creó dos programas estándar utilizados por los investigadores del genoma, 'de que los datos desmenuzados retienen la información sobre el orden de la secuencia, hasta el punto de que casi se puede reconstruir a la perfección la secuencia original'.

Pero Venter afirmó que había desmenuzado los datos del consorcio específicamente para que perdiesen la información de su situación porque sospechaba que los datos estaban mal montados en algunas partes. Eugene W. Myers, un matemático que es el principal arquitecto de los programas informáticos de Celera, afirmó que el argumento de Lander de que los datos desmenuzados conservaban la información sobre la posición de los trozos era falsa: 'Lo difícil es decidir qué superposiciones son correctas y cuáles no. Es una afirmación ridícula que obvia por completo la complejidad del problema', afirmó. Como prueba de que el método de montaje shotgun habría funcionado casi tan bien sin los datos públicos desmenuzados, Myers afirma que ha montado el genoma del ratón, que es aproximadamente del mismo tamaño que el humano, utilizando sólo datos de Celera, con resultados muy similares.

Gerald M. Rubin, un biólogo que trabaja en la mosca del vinagre, ha afirmado que la única forma de evaluar la verdad de la acusación de Lander es analizar cómo se han utilizado los datos del consorcio en el ordenador de Celera. Todavía no se dispone de esos detalles. Pero el método shotgun había funcionado 'inequívocamente', afirmó Rubin, para el montaje de un genoma de menor tamaño, el de la mosca del vinagre, un proyecto en el que él colaboró con Celera, y ha afirmado que el montaje con éxito del genoma de ratón confirmaría que el método también había funcionado con el genoma humano. Sin embargo, otros biólogos que han comparado 1.000 genes de la mosca del genoma de Celera con los genes ya conocidos han encontrado que sólo el 29% de los genes se corresponden perfectamente y en un 45% los errores son importantes, informa Reuters.

Volviendo al genoma humano Green opina: 'Más del 20% del genoma no está montado en absoluto o está en pequeños fragmentos. Es simplemente un fracaso, no se pueden usar otras palabras'.

Celera se expuso a tales críticas por la forma en que decidió describir sus resultados del genoma. En el artículo que publicaron en Science en febrero, Venter y sus colaboradores afirman que montaron el genoma humano de dos formas, una mediante su método shotgun de secuenciación del genoma con datos públicos añadidos, y la otra mediante un método híbrido que explícitamente se basaba en el método y los datos de Celera y del consorcio público. Pero Venter pasó luego a basar todo el análisis posterior y la identificación de genes en la versión híbrida, dejando a un lado la versión shotgun.

A sus detractores les indigna este hecho -tradicionalmente, los científicos interpretan sus propios datos, no los de otros-. Venter ha afirmado en una entrevista que las dos versiones del genoma eran muy similares, pero que había elegido la versión híbrida para su interpretación porque era ligeramente más completa. 'Nuestro objetivo era tener un genoma de la mayor calidad posible. No queríamos jugar a un estúpido juego académico', afirmó.