El trazado final de la M-50 y de tres vías de peaje evita zonas protegidas

Para salvar el Jarama se construirá también un viaducto de 160 metros. La M-50 discurrirá después hacia el sur, y siempre en paralelo a los límites del parque regional. Sólo lo volverá a atravesar en un lugar próximo a la depuradora de Perales del Río.En la zona oeste, dentro del término de Boadilla, la autovía de circunvalación cambiará varios kilómetros su trazado con respecto al previsto inicialmente. Para no dañar los bosques de encinas de la finca Romanillos, la vía se meterá ahora entre la urbanización Las Lomas y el casco urbano de Boadilla. La autopista irá por debajo del nivel del suelo. Se crearán también pasos inferiores para peatones entre ambos lados del vial para permitir "la adecuada permeabilidad del territorio".

Desde allí, la M-50 enlazará con la actual eje del Pinar. Morirá en la carretera de A Coruña, a la altura del antiguo parque empresarial de Las Rozas (reconvertido ahora en zona residencial).

La R-3 (autopista de peaje de Arganda) sale de la M-40, en el distrito de Vicálvaro, y en dirección este, y cruza el Parque Regional del Sureste por el mismo corredor que el AVE y la M-50. Por el norte de Velilla de San Antonio, y bordeando el área natural del sureste, desemboca en Arganda del Rey, muy cerca del centro de control de satélites Hispasat.

La R-4 (autopista de peaje de Ocaña) sufre un cambio drástico en su trazado original. Contra esta autopista, Medio Ambiente había lanzado su artillería más pesada cuando presentó las alegaciones en Fomento. "Dada la afección que se derivaría de su construcción [para el parque del sureste], se considera ambientalmente inaceptable". La R-4 iba a cortar el parque por tres zonas de máxima protección ambiental. La Consejería de Medio Ambiente pidió por eso que no se construyera.

El Ministerio de Fomento ha decidido ahora cambiar completamente el trazado de la R-4. Partirá de la M-50, y no de la M-40 como el resto de radiales. Desde el kilómetro 16,5 de la M-50, en el término de Pinto, y en paralelo a la N-IV, seguirá camino hacia Ciempozuelos. No tocará ninguna zona importante del Parque Regional del Sureste, según Medio Ambiente. La R-4 y la N-IV irán separadas sólo por un kilómetro de distancia.

La R-5, autopista de peaje de Extremadura, saldrá de la M-40. Su trazado pasa por el límite sur del parque del Guadarrama.