Fungairiño fue expedientado por Úrculo por ocultar al juzgado un informe sobre el atentado contra Aznar

El nuevo fiscal jefe de la Audiencia Nacional, Eduardo Fungairiño, fue expedientado por decisión del anterior fiscal general del Estado, Juan Cesáreo Ortiz Úrculo, a raíz de haber ocultado un informe policial sobre las huellas encontradas en el atentado de ETA contra José María Aznar en 1995. Dicho informe confirmaba que en el lugar de los hechos no se habían encontrado las del etarra Mikel Azurmendi, pero la fiscalía siguió pidiendo su procesamiento a pesar de ello. Cuando apareció el documento y se le pidieron explicaciones, la respuesta de Fungairiño causó estupefación: sostuvo que, dependiendo de su resultado, las investigaciones se aportan al juzgado sólo si favorecen las tesis de la acusación.

Eduardo Fungairiño, el nuevo fiscal jefe de la Audiencia Nacional, declaró el 30 de octubre de 1996 en el curso de unas diligencias abiertas por el entonces fiscal jefe, José Aranda, sobre las irregularidaes cometidas en el sumario por el atentado de ETA contra José María Aznar en 1995, en Madrid, que costó la vida a una mujer.A Fungairiño se le preguntó por los informes que había pedido a la Policía y la Guardia Civil para cotejar las huellas encontradas en el lugar de los hechos, tras el intento fallido de asesinar al líder del Partido Popular, con las del presunto etarra Mikel Azurmendi. Entonces explicó así la razón de que no llegasen al juez: "(...) Algunas veces se interesa de la Policía Judicial trabajos de investigación a fin de coadyuvar a la labor de los juzgados y, dependiendo del resultado, se aporta al procedimiento correspondiente, en el entendimiento de que, si no es favorable o no es de utilidad a la acusación, no se hace llegar al juzgado".

Aranda tuvo que advertirle que esa interpretación iba contra la Ley de Enjuiciamiento Criminal y contra la lealtad procesal y que, en todo caso, debía consultarle antes de decidir sobre tales investigaciones y aportar el resultado. al procedimiento en curso, para lo cual era necesaria la autorización correspondiente.

El reparto de trabajo implantado por Aranda el 5 de mayo de 1995 fue impugnado por Fungairiño y los demás fiscales conocidos como los indomables, María Dolores Márquez de Prado, Ignacio Gordillo y Pedro Rubira. Los impugnantes indicaron que rayaba "en lo arbitrario", era "distorsionador y absurdo" y sólo podía explicarse "por la no asistencia del jefe a los juicios", sin duda, añadían, "por las altas funciones que entraña la jefatura".

Fungairiño, entonces teniente fiscal, se quejó a Aranda en un escrito que le envió de que el sistema de reparto suponía una "implicita e inmotivada desautorización de su función" y, en su caso, de la de Gordillo, que le sustituía en la tarea de reparto de juicios.

Pese a todas las opiniones descalificadoras del sistema de trabajo implantado por Aranda, el entonces fiscal general, Carlos Granados, tras oír al Consejo Fiscal, rechazó las críticas de los indomables y acordó considerar correcto el nuevo reparto.

Otra de los episodios protagonizados por Fungairiño y de los que se hizo eco la Inspección aconteció ante la baja por maternidad de una fiscal de la plantilla. Entre los fiscales se produjeron ciertas discrepancias sobre la forma de repartirse sus asuntos durante su ausencia. En un escrito remitido a Aranda y fechado el 24 de julio de 1995, Fungairiño se negó a despachar los temas de dicha fiscal aduciendo la carga de trabajo que pesaba sobre él.

Aranda confirmó la vigencia de su acuerdo de reparto, pero su orden fue desatendida por Fungairiño, ante lo cual los sumarios que correspondían al teniente fiscal hubo que repartirlos entre los demás fiscales.

Sin negarse abiertamente, los otros fiscales indomables tampoco despacharon las causas repartidas por la ausencia de esa fiscal, a la que, según detectó la Inspección, Fungairiño se refería con el término "funcionaria" en vez de hacerlo con el de "fiscal", que sí utilizó para otro compañero que se iba a incorporar.

Por otra parte, en septiembre de 1995, Fungairiño pidió la rectificación de una noticia que había sido publicada por el periódico económico Cinco Días. Aranda se mostró favorable a que se produjese, pero, entonces, Fungairiño abandonó la sesión de la junta de fiscales aduciendo que carecía de la serenidad dé ánimo necesaria para continuar en ella y dijo que no volvería hasta que se publicase el aludido desmentido. Márquez de Prado se marchó tras él pese a los requerimientos de Aranda para que ambos continuaran en ella.

El traslado forzoso de Fungairiño planteado por la Inspección por todos estos hechos quedó reducido a una propuesta de un mes de suspensión por una falta muy grave apreciada por el fiscal instructor que el anterior fiscal general, Ortiz Úrculo, saldó con una multa de 50.000 pesetas.