La catarata de nuevos genes pone en evidencia la anarquía en sus nombres

Las moscas del vinagre tienen armadillo; los ratones tienen betacatenina. Ambos son genes codificadores de proteínas que influyen en el desarrollo del embrión en sus primeras fases. Sus secuencias de ADN son tan similares que los genetistas de la mosca y del ratón se pusieron de acuerdo hace varios años en que son básicamente el mismo. Pero las dos denominaciones persisten.

Los genetistas de la mosca del vinagre, con su inclinación a dar nombres extravagantes a los genes, consideran que armadillo es una etiqueta perfecta para un gen que, cuando es defectuoso, da a los embriones de mosca un aspecto que recuerda a ese animal. Los genetistas del ratón, por su parte, no ven razón para cambiar de denominación a un gen que claramente pertenece a la familia de los genes de la catenina, la mayoría de cuyos miembros controla el contacto de célula a célula.

Dichas riñas menores amenazan con impedir a los científicos cosechar los prometidos beneficios de la secuencia del genoma humano. Frágiles egos interesados por nombrar a sus genes están generando una situación casi ridícula: las denominaciones múltiples parecen ser la norma, más que la excepción, y genes sin relación funcional entre sí llevan a menudo el mismo nombre.

Establecer comparaciones entre genes similares en diferentes organismos y bases de datos es vital para los biólogos que se esfuerzan por dar sentido a una información genómica creciente.

El mejor lenguaje 'Si queremos explorar la biología, necesitamos compartir mejor el lenguaje', afirma Judith Blake, del laboratorio Jackson (Maine, EE UU), que trabaja en la Base de Datos Central del Genoma del Ratón. Los intentos de imponer denominaciones comunes a diferentes especialidades están encontrando una dura resistencia, y los métodos que proponen dar a los genes números de identidad únicos parece improbable que prosperen a no ser que las revistas científicas obliguen a adoptar este sistema. Una coalición de importantes genetistas quizá tenga la respuesta. El Consorcio de Ontología Genética (GO, siglas de Gene Ontology Consortium) está estableciendo vocabularios controlados. Éstos permiten que un programa informático explore las bases de datos genómicas y vinculen genes relacionados entre sí utilizando palabras que describan sistemáticamente sus funciones, independientemente de cómo se denominen los genes.

Alcanzar un consenso sobre toda la gama de importantes organismos de laboratorio podría ser imposible. Acostumbrados a trabajar en relativo aislamiento, los investigadores que estudian diferentes especies se han habituado a sus respectivas tradiciones de denominación genética.

A los genetistas de la mosca del vinagre, por ejemplo, les encantan los nombres llamativos: el gen hedgehog (erizo) produce una proteína señalizadora que participa en diversos procesos del desarrollo, el lost in space (perdido en el espacio) guía el crecimiento de las células nerviosas. Y no tienen intención de permitir que otros genetistas les estropeen la diversión. 'También se les puede dar un nombre memorable', argumenta un admirador de la mosca del vinagre, Michael Ashburner, del Instituto Europeo de Bioinformática con sede en Hinxton (Cambridge, EE UU).

Dos talleres de nomenclatura internacionales, celebrados en 1997 y en 1999, llegaron a la conclusión de que, aparte de entre los mamíferos, intentar estandarizar los nombres genéticos entre especies carecía de sentido. 'Los genetistas preferirían compartir el cepillo de dientes a compartir la denominación de un gen', admite Ashburner.

Controlar su uso Asignar denominaciones oficiales a los genes y controlar su uso subraya un esfuerzo por solucionar el problema. Los proyectos de secuenciación de los genomas humano y del ratón tienen comisiones de nomenclatura que colaboran entre sí y hacen que sus respectivas comunidades se ciñan a las denominaciones acordadas. Pero en un momento en que investigadores de otros campos se pasan a la genómica, el consenso está demostrando ser más difícil de alcanzar. 'Se ha convertido en una empresa mucho mayor', afirma Sue Povey, del University College London, que preside la Comisión de Nomenclatura Genética de la Organización para el Genoma Humano.

Las denominaciones polémicas dentro de una familia genética, que produce las enzimas que descomponen el alcohol, estuvieron sometidas a revisión durante más de tres años antes de poder alcanzar un acuerdo.

Hay también una concienciación de que los genes pueden tener varias funciones, de forma que las denominaciones basadas en funciones conocidas hoy pueden provocar equívocos en el futuro. 'Pasarán muchos años antes de que podamos ponernos de acuerdo en un conjunto de denominaciones', afirma Mark Boguski, vicepresidente de investigación y desarrollo en Rosetta Inpharmatics, empresa que explota información genómica.

Algunos piensan que la respuesta está en abandonar los nombres y referirse a los genes por números de identidad únicos, confiando en los gestores de la base de datos para proporcionar vínculos entre los genes relacionados. La Base de Datos del Genoma del Ratón ya lo hace así, asignando a cada gen un número de identidad e incluyendo en una lista todas las secuencias de ADN depositadas en la base de datos del Banco Genético que están relacionadas con ellos. Cada entrada tiene también un número de acceso.

Revistas científicas

Pero aunque las principales revistas científicas como Nature, Nature Genetics y Science, exigen a los autores que indiquen el número de acceso al Banco Genético en los artículos que describen un gen por primera vez, parece improbable que avancen con rapidez hacia un sistema en el que se obligue a utilizar el número de identidad. Y sin dicho sistema, parece improbable que los números genéticos resuelvan el problema. Más que intentar imponer un sistema homologado de denominaciones o números para los genes, los miembros del consorcio GO (Gene Ontology) están estableciendo palabras aceptadas para describir las funciones moleculares, los procesos biológicos y los componentes celulares. Mediante esos términos, se pueden vincular genes relacionados, independientemente de sus confusas nomenclaturas.

El GO fue creado por los comisarios de algunas de las bases de datos del genoma de los principales organismos modelo: la mosca del vinagre (FlyBase), la levadura Saccharomyces y el ratón. Desde entonces se han unido a él la planta modelo Arabidopsis y el gusano Caenorhabditis elegans (WormBase).

Los comisarios de las bases de datos asignan términos GO a cada gen y a sus productos, y la información se envía a la base central de GO, establecida en ordenadores de la Universidad de Stanford (California). El objetivo es hacer una base de datos plenamente indagable, que explique la función de los genes en todos los organismos. 'Los glosarios son dinámicos, una obra en progreso', afirma Midori Harris, coordinador de GO.

GO es también suficientemente flexible como para aceptar sinónimos en aquellos casos en que los investigadores utilizan habitualmente dos términos para referirse al mismo proceso, por ejemplo, división celular y citoquinesis.

El sistema GO está ganando popularidad con rapidez, y los términos de GO aparecen en recientes artículos en los que se describen los genomas de la Drosophila y humano y en una biblioteca global de los genes del ratón.El proyecto acaba de recibir un gran impulso en forma de subvención de cinco millones de dólares en tres años concedida por el Instituto Nacional para la Investigación del Genoma Humano de EE UU, y goza de entusiastas conversos. Las empresas de genómica Celera, Incyte y Proteome utilizan ya el GO para su anotación del genoma humano.