Diferencias radicales
Las diferencias entre Zia y Junejo sobre la islamización y la democratización del país o el acuerdo con Afganistán se han ampliado en los últimos meses. Zia se ha opuesto a la firma con el régimen de Kabul, y forzó a la Alianza muyahidin a aceptar como portavoz a Gulbudin lleckmatiar, un fanático oportunista que habla de federación islámica entre Pakistán y Afganistán.Según Mairaj Mohamed Jan, portavoz del movimiento que agrupa a los seis principales partidos de la oposición, tras la decisión de Zia está la explosión del depósito de armamento de Ojeri, en abril. Junejo quiso utilizar el hecho, que costó la vida a 1.000 personas, para que la opinión pública se revolviese contra el Ejército. Zia ha sostenido que fue un sabotaje e incluso ha condecorado a varios de los generales responsables por la disciplina con que se limpió la zona de cohetes y naisiles que aún no habían estallado.
Los pasos dados por Junejo para que la Asamblea congelara el presupuesto de defensa durante los próximos años y la proximidad del debate presupuestario son otras de la razones que parecen haber movido a Zia para desembarazarse de su primer ministro.
Para Lal Jan Bhati, presidente del Partido Liberal de Pakistán, la actuación de Zia denota una "total hipocresía", y lo que debería hacer es dimitir.