Los detectives de las nuevas variantes del coronavirus

Cuando los epidemiólogos pronostican la evolución de la pandemia de covid, la mayoría asume que la enfermedad se quedará con nosotros, creando olas (o brotes) cada vez menos letales gracias a las vacunas y a la inmunidad natural adquirida después de millones de contagios. Pero casi todos ponen una coletilla parecida a esta: “A no ser que una nueva variante lo ponga todo patas arriba”. Es una posibilidad que no ven muy probable, pero que ninguno se atreve a descartar. Los laboratorios de cientos de hospitales de todo el mundo trabajan analizando la evolución genética del virus para detectar cualquier mutación que pueda dar un nuevo giro de guion a la pandemia. Son una cara menos conocida de la lucha contra el coronavirus, el termómetro de las olas: los primeros que advierten que la tendencia en los resultados de las pruebas cambia.

Uno de esos laboratorios está en el Hospital Universitario de la Paz, en el norte de la ciudad de Madrid. En los bajos del edificio de maternidad, la pandemia ha dibujado sus propios ciclos: desde unos principios angustiosos en los que no había reactivos suficientes para hacer las pruebas que midiesen el avance del virus hasta hoy día, cuando los robots automatizan el trabajo y permiten analizar más de 3.000 muestras al día. El jefe del servicio de microbiología, Julio García Rodríguez, recuerda los momentos en el que las muestras llegaban en bolsas de basura y prácticamente todo el personal estaba volcado en el coronavirus hasta una época de “maduración y normalización”, en la que todo va volviendo a su cauce.

Entre las muchas máquinas que trabajan seleccionando y analizando muestras bajo la supervisión de médicos y técnicos de laboratorio, una está plenamente dedicada a escrutar la estructura genética de los positivos de covid. Fernando Lázaro, uno de los médicos responsables de esta tarea, explica que su labor es muy similar a la de los científicos que allá por principios de enero de 2020 lograron identificar al SARS-CoV-2, un patógeno que hasta ese momento era desconocido para la humanidad.

“La máquina analiza todo el material genético de la muestra. La mayoría es humano y se descarta. Entre las que no, busca si son estructuras conocidas o nuevas, como sucedió en Wuhan”, cuenta Lázaro. Una vez que el virus es reconocido, indagan en las mutaciones en su ARN que puedan hacerlo más infeccioso o letal, algo en lo que se tarda entre cuatro y siete días por muestra.

Los resultados que extraen La Paz y otros 35 hospitales de España se vuelcan en una inmensa base de datos abierta a todos los científicos del mundo que trabajan en la covid para poder comparar los linajes de coronavirus, cómo evoluciona y si en algún momento puede suponer un peligro. Inmaculada Casas, coordinadora esta red (llamada Relecov) desde el Centro Nacional de Microbiología (CNM) de Majadahonda, explica que están especialmente atentos a la espícula, que es donde se van a unir los anticuerpos neutralizantes y resulta clave para la eficacia vacunal. “Pero realmente el virus es como una máquina, cada uno de sus genes puede funcionar de una manera y generar mutaciones que le permitan, por ejemplo, mayor adaptación al hospedador”, añade.

Aunque ya se hacían secuenciaciones genéticas en España desde prácticamente el principio de la pandemia, la red se puso en marcha entre finales de 2020 y principios de 2021, cuando la variante alfa entró en el país. Por entonces, la Comisión Europea pidió a los Estados que analizaran aleatoriamente al menos entre el 5% y el 10% de los positivos. “Es lo que los epidemiólogos estiman suficiente para detectar una nueva variante que esté circulando, ya sea por una mutación o una importación”, asegura Casas.

La variante alfa fue la que se descubrió en el Reino Unido y fue ganando terreno en España en invierno de 2021, antes de que, en primavera, llegase la delta, más contagiosa, y se hiciera dominante. Antes de la alfa, en la Península predominaba una variante propia, generada seguramente en el pico de contagios de la primera ola y que se descubrió en primavera de 2020. Fue la mayoritaria en la segunda ola de covid y se detectó en otros países. “No es que fuera necesariamente mucho más infectiva que las otras, es que había mucha población susceptible y tenía fácil la expansión”, aclara la investigadora del Instituto de Salud Carlos III, del que depende el CNM. Esta, a diferencia de las que llegaron más tarde (alfa, delta...), no fue bautizada con un nombre por la Organización Mundial de la Salud (OMS) en un sistema que llegaría más tarde para, entre otras cosas, no estigmatizar a los países donde se descubrían las mutaciones.

Ahora que los contagios remiten, en el hospital de La Paz analizan prácticamente todas las muestras positivas que les llegan, según cuenta el jefe del servicio de microbiología. “Hoy [el pasado viernes 24 de septiembre] de casi un centenar de muestras solo ha dado positivo una”, explicaba. El porcentaje de positividad es uno de los indicadores clave para saber el estado de la epidemia en un territorio. Por debajo del 5%, la OMS establece que se puede considerar bajo control. En España, este viernes era del 2,8%.

Es algo que los laboratorios son los primeros en detectar. Igual que las subidas de casos. “Cuando estamos en el valle de una ola, con muy pocos positivos, y vemos que comienzan a crecer, ya intuimos que viene otra ola. Ha sido así en todas ellas”, relata García Rodríguez. El volumen de trabajo del laboratorio, sin embargo, no está tan relacionado con el número de contagios, sino con otros factores como los cribados masivos. “Cuando hace un año se hicieron en Madrid cribados aleatorios teníamos el laboratorio otra vez al límite de su capacidad, aunque no hubiera muchos positivos”, cuenta.

El laberíntico laboratorio de La Paz, hoy por hoy, ya vive en una situación normalizada. Todavía necesitan muchos de los refuerzos que se incorporaron para trabajar en la covid, pero siguen haciéndose todo tipo de tareas, desde sofisticados procesos de microbiología molecular, como las PCR, hasta el trabajo tradicional con cultivos y microscopio para detectar patógenos que no difiere mucho de lo que se hacía hace un siglo. En la base de datos de La Paz tienen recopilados más de 3.000 patógenos. Cuando en una muestra no está claro de cuál se trata, se lleva a la máquina de secuenciación. Igual que hicieron en Wuhan en enero de 2020. Así se descubren los virus que causan pandemias.