Lertxundi forzó un cambio en el comité central elegido por Euskadiko Ezkerra
Kepa Aulestia resultó elegido secretario general de Euskadiko Ezkerra, tal y como estaba previsto, con 56 votos afirmativos y seis abstenciones emitidas por el comité central que resultó designado en el mismo congreso. La única nota discordante de la ultima sesión del congreso de EE fue protagonizada por Roberto Lertxundi que en el momento de proceder a la votación de la candidatura al Comité Central dijo que retiraba su nombre de la lista por considerar que en ella no estaba reflejada la realidad social del país, ya que faltaban dirigentes sindicales.Fue necesario que la comisión correspondiente celebrara una reunión especial para consensuar la lista definitiva que integró la incorporación de dos nuevos nombres alineados con la tendencia del ex dirigente comunista, Lertxundi.
Aulestia, se dirigió a los congresistas para decir que "Euskadiko ha generado una política basada en la tolerancia y en el respeto". Juan Mari Bandrés volvió a resultar elegido presidente del mencionado partido y Mario Oríaindía, que estaba incluido en las listas a la formación del Comité Central, fue uno de los más votados.
El sector más crítico de EE se había mostrado especialmente duro en relación a la política socialista en las ponencias relacionadas con la política autonómica y socioeconómica. Mientras la ponencia oficial criticaba con dureza al partido socialista en relación. a la permanencia de España en la OTAN y al desarrollo autonómico -ya que en su opinión el PSOE no se había preocupado del proceso estatutario hasta que no concretó el pacto de legislatura con los nacionalistas-, Roberto Lertxundi estuvo inflexible en su discurso. Quizá desde una perspectiva que refleja actitudes más leninistas, criticó al partido socialista "porque está realizando una política de derechas y conservadora".
Superadas las diferencias relacionadas con los aspectos organizativos, los dirigentes de EE se esforzaron en presentar su II Congreso como "un paso más" en la transición. Su secretario general Kepa Aulestia dijo: "Hemos dado un paso adelante, hemos clarificado un tanto más la política que veníamos defendiendo aunque nos quedan ideas, aspectos, por desterrar, pero, sobre todo, lo que tenemos que desterrar es la organización entendida como aparato".
El secretario general saliente Mario Onaindía, aclamado por los congresistas y por el propio Kepa Aulestia, salió a la tribuna de los oradores para realizar un llamamiento "a los compañeros que hemos perdido en el camino" en aras a la consecución de un partido normal, que ha superado ya la imagen de la organización- de "pegatas y manifas".
