Cuotas soportadas y prescripción

De forma genérica, la Ley General Tributaria fija que cuando las bases o cuotas compensadas o pendientes de compensar, así como las deducciones aplicadas o pendientes, tengan su origen en ejercicios prescritos, deberá acreditarse su procedencia y cuantía con las autoliquidaciones en que se incluyeron junto con su contabilidad y los soportes documentales oportunos. Con ello se reconoce a la Administración la posibilidad de comprobar los ejercicios prescritos a los solos efectos de verificar dichas bases, cuotas o deducciones.

Sobre el IVA, dicha norma marca un antes y un después, pues, como ha dicho el Tribunal Económico-Administrativo Central, hasta la aplicación de la misma no procedería practicar la comprobación citada, atendiendo a la jurisprudencia del Supremo. Por tanto, hoy deberá el sujeto pasivo conservar la documentación que acredite las cuotas soportadas compensadas, devueltas o pendientes, sin que la comprobación deba limitarse a verificar que el saldo haya sido en su día declarado en la autoliquidación del IVA, pudiendo analizar su composición y procedencia, como dice el Tribunal Económico-Administrativo Central.

El sujeto pasivo debe conservar la acreditación de las cuotas

En consecuencia, la comprobación tendría por objeto verificar la realidad de las operaciones por las que se soportaron las cuotas y, presumiblemente, su carácter deducible.

Por lo que se refiere, en su caso, al exceso de cuotas repercutidas al sujeto pasivo destinatario de las operaciones por aplicación de un tipo impositivo superior al procedente o por incurrir en causas de exención o de no sujeción al IVA, su reducción como consecuencia de la comprobación supondría una doble tributación por el exceso, al haber prescrito el derecho a solicitar la devolución de ingresos indebidos, siendo así que la forma de evitarlo sería permitir la deducción de ese exceso como medio para obtener el debido resarcimiento económico.

Cuestión diferente sería la minoración de las cuotas soportadas por su compensación con un aumento de las cuotas devengadas correspondientes a periodos prescritos como consecuencia de la comprobación, pues eso supondría una operación previa de liquidación por la Administración tributaria, habiendo prescrito su derecho a practicarla.