El Centro de Investigación del Cáncer incorpora tecnología Grid

La informática distribuida también echa un pulso a los tumores. El Instituto de Investigación del Cáncer ha instalado un sistema Grid que optimiza los recursos informáticos disponibles por la institución para investigar los genes implicados en el desarrollo de tumores.

Se trata de que todos los ordenadores de la institución se pongan a trabajar aprovechando los momentos en los que se utilicen poco. En una primera fase, la tecnología Grid permite optimizar el rendimiento del análisis e interpretación de datos procedentes de experimentos con biochips de ADN, unos cristales desarrollados por la compañía norteamericana Affymetrix. Estos experimentos permiten identificar los genes vinculados con el desarrollo y evolución de distintos tipos de tumores.

El programa analiza los datos alimentado por un fichero del software de Affymetrix, con 33.000 genes del genoma humano anotados en el chip HG-U133, explica Francisco González, especialista del CIC.

Por ese cristal se pasa una muestra sanguínea del paciente con tumor o el tejido de una biopsia y se extrae una muestra de RNA, los genes que se están expresando en ese momento. Se obtiene una imagen fluorescente de una pulgada cuadrada (hasta 80 MB de información en una hoja de cálculo de 33.000 líneas y entre ocho y 10 columnas, una por cada experimento en diferentes condiciones).

Experimentos con chips ADN

Sobre esas tablas se aplican algoritmos matemáticos para intentar agrupar qué genes se comportan de forma similar de un experimento a otro. El agrupamiento se realiza sobre servidores Unix de cierta potencia.

Un experimento completo con chips ADN tarda una semana. Pero al haber aumentado la densidad de estos chips, el tiempo del ensayo aumenta.

El sistema Grid, que funciona con tecnología desarrollada por la compañía mallorquina GridSystems, divide ese trabajo de cálculo, muy complicado, entre diferentes ordenadores conectados que también se dedican a otras tareas. De esta forma, los análisis que hasta ahora duraban un día se realizan en menos de 10 minutos.

En una segunda fase los especialistas del CIC esperan utilizar la tecnología de informática distribuida para analizar el plegamiento de proteínas.

La compañía GridSystems, fue creada hace año y medio por el físico Joan Massó, que trabajó en el National Center for Supercomputing Applications de Estados Unidos analizando el comportamiento de los agujeros negros en superordenadores. El empleo de Grid supone un importante ahorro de costes. Un millar de ordenadores del Centro Criptológico Nacional utilizan este software para descifrar contraseñas.