El Gobierno chileno ha manifestado que respeta la independencia de la Iglesia católica chilena, aunque la ha advertido contra la "desnaturalización de los valores patrióticos". La polémica entre autoridades civiles y religiosas ha surgido por la publicación de un libro de enseñanza que habla de la práctica de tortura en Chile.En un comunicado hecho público el miércoles en Santiago, el Gobierno afirma que "nunca se ha inmiscuido en los asuntos internos de la jerarquía eclesiástica" pero que su misión es "velar por el pleno ejercicio y el respeto de los valores patrióticos" y en consecuencia tiene "el deber de hacer frente a los que quieren desnaturalizarlos y debilitarlos".

Horas antes, el consejo episcopal chileno había rechazado unas acusaciones de traición a la patria realizadas por la ministra de Educación, Mónica Madariaga, por haber aprobado un libro de enseñanza religiosa que contenía "una evidente influencia marxista".