Un histórico de ETA huido en varias ocasiones

Su pista se perdió durante bastante tiempo, aunque se detectaron algunos contactos con Mikel Zarrabe Elcoroiribe, responsable del aparato de paso de fronteras, hasta su detención en 1989. Eso hizo sospechar a la policía francesa que Mitxelena seguía encuadrado en esta estructura.

Tras el arresto de Zarrabe, a partir de 1990 Mitxelena se convirtió en su sucesor, como se desprende de algunas cartas que fueron intervenidas por la policía francesa a raíz de la detención de Jesús Arcauz Arana. Durante 1993, la Policía Judicial de Bayona y la Guardia Civil estuvieron investigando sus actividades. Gracias a su seguimiento a lo largo de varios meses se pudo identificar a una veintena de activistas, españoles y franceses sospechosos de formar parte del citado aparato.

El 13 de octubre de ese año, unos días antes de la fecha fijada para su detención, el diario Egin recibió una llamada anónima de un supuesto policía francés dando cuenta de la inminencia de la operación policial. El comunicante indicó que se iba a arrestar a Mitxelena y que con él iba a caer todo el aparato de paso de fronteras de ETA. El día 17, cuando los agentes llegaron al caserío de la localidad de Urrugne donde se había ocultado la noche anterior, Mitxelena Berasarte logró darse a la fuga huyendo campo a través. En una mochila abandonada durante la fuga, la policía se incautó de un cargador de pistola, un DNI falsificado y diversas prendas de vestir.

Aunque en aquella operación se detuvo a una veintena de presuntos miembros del aparato, todos ellos fueron puestos en libertad por errores de procedimiento.

Mitxelena es el presunto autor de un documento intervenido por la policía francesa en 1993 en el que se proponía la realización de atentados contra objetivos económicos y contra periodistas. El presunto etarra pedía que se llevaran a cabo acciones terroristas contra la banda y contra altos cargos de algunas empresas. Además, en el escrito formulaba duras críticas contra Eugenio Etxebeste, Antxón, a quien acusó de de querer "tirar la toalla".