Golpe a Hacienda: el Supremo concluye que los proyectos avalados por Ciencia son deducibles en el impuesto de sociedades

El Tribunal Supremo ha aclarado cómo deben aplicarse los beneficios fiscales vinculados a los proyectos de innovación tecnológica e investigación y desarrollo y ha resuelto las discrepancias entre el Ministerio de Ciencia e Innovación y el de Hacienda. En tres sentencias, la sala de lo contencioso-administrativo ha establecido que los informes emitidos por Ciencia sobre la calificación de un proyecto como merecedor de dicha deducción tributaria son vinculantes para la Agencia Tributaria. De este modo, el alto tribunal ha corregido el criterio de la Audiencia Nacional (que dio un vuelco al establecido entonces) y ha anulado tres resoluciones que respaldaban que el fisco tuviera la última palabra sobre la naturaleza de los proyectos y sobre la aplicación de incentivos fiscales recogidos en la Ley del Impuesto sobre Sociedades.

La controversia se originó a finales de 2022, cuando la Audiencia Nacional, al analizar un caso, concluyó que los gastos derivados de iniciativas de I+D+i no se encontraban incluidos en la deducción por actividades de innovación tecnológica, aunque el Ministerio de Ciencia determinara en un informe que dichas actividades sí entraban en ese paraguas. La tesis fue asumida por el tribunal tras escuchar una serie de aclaraciones de los funcionarios del Equipo de Apoyo Informático de la Inspección de los Tributos, instadas por la Abogacía del Estado, en el caso concreto de un contribuyente que reclamó la aplicación de la deducción en un proyecto de desarrollo de software y aplicaciones informáticas.

El asunto ha sido objeto de estudio por parte del Tribunal Supremo desde octubre de 2023, cuando admitió a trámite un recurso al entender que era necesaria la formación de jurisprudencia para determinar el alcance y valor probatorio del informe de Ciencia. De esta forma, esclarecería si Hacienda podía negar absolutamente toda deducción por innovación tecnológica, cuando la calificación ya venía dada por la propia Administración del Estado. El Supremo no entra a valorar la letra pequeña de cada proyecto, pero aclara que Ciencia sí tiene facultad para decidir las inversiones sujetas a deducción.

Para los magistrados del alto tribunal, que votaron y fallaron el pasado 24 de septiembre las resoluciones dadas a conocer este martes, la respuesta es que dichos preceptos deben ser respetados y “no pueden ser rebatidos ni ignorados por los órganos de la administración tributaria”. En este sentido, las sentencias señalan que el artículo 35.4 de la norma sobre el impuesto de sociedades prevé que las empresas puedan pedir un informe al Ministerio de Ciencia para obtener la rebaja fiscal por innovación tecnológica, que es “vinculante” para Hacienda. “Dados sus términos, el informe vincula a la Administración, aquí a la AEAT, en todos sus aspectos, es decir, no solo en lo referente a la calificación del proyecto como integrante de tal innovación tecnológica, sino también en las inversiones y gastos que, presentados por las empresas, hayan sido evaluados de forma positiva”, remacha.

“Nada puede ser y no ser al mismo tiempo, lo que traducido a las características de estos asuntos, significa que la misma Administración, a través de sus distintos órganos y dependencias, no puede sostener que una actividad constituye innovación tecnológica y no lo constituye; que una deducción fiscal es procedente y, a un tiempo, no lo es; que un informe que la ley reputa vinculante, sin límites, no es vinculante porque puede ser privado de su valor y eficacia”, zanja el Supremo. Es decir, aclara Víctor Cruz, director de Estrategia de FI Group, “no es de recibo que una parte de la Administración diga una cosa y la otra parte diga la contraria”.

La Sala de lo Contencioso-Administrativo también indica que el Equipo de Apoyo Informático de la Agencia Tributaria —en el que Hacienda se apoyó para denegar las deducciones— no puede refutar la valoración del departamento de Ciencia, realizada en este caso por expertos ajenos al ministerio. Es decir, este equipo “no está a cargo de funcionarios que posean un margen de independencia o autonomía funcional que les haga imparciales en sus conclusiones, máxime cuando contradicen un informe vinculante”, apunta el Supremo. Y añade que de la resolución de la creación del equipo (el 26 de diciembre de 2005) no se infiere que tenga “conocimientos técnicos y científicos necesarios para opinar sobre la calificación de los proyectos como innovación tecnológica, sobre los gastos e inversiones que determinan la base de la deducción y, en suma, sobre el acierto o desacierto de un informe especializado de un Ministerio competente en materia de ciencia”.

Esta deducción es una de las grandes rebajas con las que cuentan las empresas en el impuesto sobre sociedades. En el año 2021, según los últimos datos disponibles en la Agencia Tributaria de las cuentas anuales consolidadas de este gravamen, el impacto en los ingresos ascendió a más de 1.800 millones de euros si se suman todos los gastos en investigación y desarrollo y en innovación tecnológica. Los efectos de la sentencia, añade Cruz, son todavía muy difíciles de cuantificar y, según aclaran fuentes jurídicas, aunque se han reclamado cantidades muy relevantes, las devoluciones de las liquidaciones tendrán que estudiarse caso por caso. Sea como sea, prosigue Cruz, el Supremo aporta seguridad jurídica y certidumbre al sector, “algo que tenemos que celebrar”.

La base de la deducción en I+D+i la conforman todos los gastos vinculados que ha tenido la empresa, más inversiones en elementos patrimoniales, excluidos los edificios y terrenos, que correspondan a actividades efectuadas en España, en la UE o en el Espacio Económico Europeo, descontadas las subvenciones. Eso sí, no formarán parte de la base los gastos vinculados a tareas administrativas, como asesoría laboral y jurídica, gastos de local, maquinaria o mobiliario de oficina del equipo administrativo. A partir de aquí, el porcentaje de la rebaja será del 25% para los gastos, o del 42% cuando superan la media de los efectuados en los dos años anteriores. A ello se le suma el 17% del importe de los gastos del personal investigador adscrito exclusivamente a esta actividad, más el 8% por las inversiones en material e intangibles.

Por su parte, la rebaja en innovación tecnológica contempla un porcentaje de deducción del 12% sobre los gastos efectuados en actividades de diagnóstico y solución tecnológicos, tales como el diseño industrial, la ingeniería de procesos o la elaboración de los planos, dibujos y soportes destinados a definir las especificaciones técnicas y características de funcionamiento necesarios para la fabricación, prueba, instalación y utilización de un producto concreto. También se incluyen los gastos por adquisición de tecnología avanzada en forma de patentes, licencias o diseños. Las actividades también deben haberse desarrollado en España o la Unión Europea y, de nuevo, se minora en el importe las subvenciones recibidas.