Último capítulo del conflicto con el Parlamento
Dirige el tribunal más importante de España y preside el Consejo General del Poder Judicial. Esa posición institucional no ha impedido que Francisco José Hernando y la mayoría de vocales conservadores del Consejo mantengan abierto un conflicto con los partidos que apoyan al Gobierno en el Congreso. Éstos son algunos de sus capítulos más sonados.
- Homosexualidad y zoofilia. En diciembre de 2005, sin que el Gobierno ni el Congreso lo pidieran, la Comisión de Estudios del CGPJ aprobó un informe que criticaba el proyecto de ley sobre el matrimonio homosexual en los siguientes términos: "Llamar matrimonio a la unión de personas del mismo sexo es como llamar matrimonio a la unión de más de dos personas o a la unión entre un hombre y un animal". Esta comparación entre homosexualidad y zoofilia se eliminó en el texto que aprobó el pleno.
- Sevillanas y catalán. La voz del Consejo y la del presidente del Supremo también se han escuchado con nitidez en el debate sobre el Estatuto catalán, a pesar de que el Congreso se negó a pedirles opinión. Días después de que la Cámara rechazara una propuesta del PP para pedir un informe al CGPJ, su Comisión de Estudios, con los únicos votos de los vocales propuestos por ese partido, aprobó otro texto que encontraba 19 motivos de inconstitucionalidad en el proyecto aprobado por el Parlamento de Cataluña. Los vocales conservadores no llevaron el documento al pleno hasta que Zapatero y el líder de CiU, Artur Mas, pactaron las enmiendas al Estatuto. El Consejo se pronunció en contra de un texto que ya no existía en una votación en la que el sufragio de Hernando fue determinante. Entre la aprobación en comisión y la definitiva en el pleno, el presidente se pronunció públicamente al menos tres veces en contra de la reforma que tramita el Congreso. En una de ellas llegó a comparar el aprendizaje del catalán entre los jueces con el del baile de sevillanas.
- Resoluciones y conflictos. El Congreso reaccionó en diciembre con tres resoluciones en las que instaba al CGPJ a que dejara "de realizar estudios, informes o dictámenes en relación a materias y actividades de otros órganos constitucionales". Los votos de los vocales propuestos por el PP bastaron de nuevo para responder a la Cámara y retarla a presentar un conflicto de competencias ante el Tribunal Constitucional si consideraban que el consejo se extralimitaba.
