Pese al énfasis que ha puesto el Gobierno Zapatero en la I+D+i como motor económico, el Ministerio de Ciencia e Innovación, que dirige Cristina Garmendia, es el que ha salido peor parado en estos presupuestos de crisis, con un 15% de reducción. La cifra global del departamento (gastos no financieros) es de 2.072 millones para 2010 (2.439 millones en 2009). Ciencia e Innovación afirma que no resultará afectada la financiación de la investigación, los contratos y las becas, y que la reducción se concentrará en gastos corrientes del ministerio, en los organismos públicos de investigación (OPI) y en infraestructuras. El capítulo presupuestario que financia los proyectos competitivos, incluido el Plan Nacional, sufre una rebaja de unos 200 millones sobre el total de 2019 (con la ayuda especial del Plan E).
