La Sexta perdió unos 130 millones en 2006, su primer año de emisiones, según se deduce de las cuentas de Televisa, su principal accionista. Además de los gastos de lanzamiento, la televisión tuvo que afrontar fuertes desembolsos para compora los derechos del Mundial de fútbol de Alemania, del Mundial de baloncesto de Japón y los de la Liga de fútbol española.

La Sexta es la primera televisión privada por pérdidas. La cadena que preside Emilio Aragón no ha hecho públicas sus cifras financieras pero sí lo ha hecho Televisa, su principal accionista. El imperio mediático mexicano reportó unas pérdidas procedentes de sus filiales de 602,2 millones de pesos (51,6 millones de euros) en 2006 frente a unos beneficios de 166,7 millones de pesos (11,2 millones de euros) en 2005. Televisa señala en su informe de resultados que esa diferencia negativa de 51,6 millones de euros "refleja fundamentalmente" las pérdidas de La Sexta, de la que posee el 40% del capital. Las pérdidas se explican en gran parte por la compra de derechos los derechos del Mundial de Fútbol de Alemania, por los que pudo abonar entre 90 y 100 millones. Posteriormente, llegó a a un acuerdo con Sogecable -participada por el grupo PRISA, editor de EL PAÍS, y propietaria de Cuatro, Digital+ y Canal+- para compartir la retransmisión de parte de los partidos.